Ակադեմիայի կոլեգիալ կառավարման մարմինը Խորհուրդն է, որի լիազորությունների ժամկետը 5 տարի է:
Խորհուրդը ձևավորվում է Ակադեմիայի պրոֆեսորադասախոսական կազմի, ուսանողության, հիմնադրի և լիազոր մարմնի ներկայացուցիչներից:
Խորհրդի անդամների թիվը 20-ն է: Խորհրդի կազմը հաստատում է Հայաստանի Հանրապետության Վարչապետի աշխատակազմի ղեկավարը:
Խորհուրդն իր կազմից, բացի ուսանողության ներկայացուցիչներից, ընտրում է նախագահ: Խորհրդի նախագահը չի կարող լինել նույն բուհում հաստիքային աշխատող (դեկան, ամբիոնի վարիչ, դասախոս): Խորհրդի նախագահը նույն բուհում պահպանում է ժամավճարի սկզբունքով դասախոսելու իրավունքը:
Խորհրդի անգործության դեպքում լիազոր մարմնի ղեկավարը կարող է վաղաժամկետ դադարեցնել Խորհրդի նախագահի լիազորությունները կամ լուծարել Խորհուրդը:
Խորհրդի նիստերը գումարվում են տարեկան առնվազն մեկ անգամ: Դրանք համարվում են իրավազոր` Խորհրդի անդամների առնվազն 2/3-ի մասնակցության դեպքում: Խորհրդի որոշումներն ընդունվում են Խորհրդի անդամների ձայների պարզ մեծամասնությամբ, եթե Խորհուրդը դրա մասին այլ որոշում չի ընդունում: Արտահերթ նիստերը հրավիրվում են հիմնադրի, լիազոր մարմնի, Ակադեմիայի գիտական խորհրդի, Խորհրդի նախագահի կամ Խորհրդի անդամների առնվազն 1/3-ի առաջարկությամբ:
Խորհուրդը`
ա) ընտրում է նախագահ,
բ) հաստատում է իր աշխատակարգը,
գ) Հայաստանի Հանրապետության օրենսդրությամբ սահմանված կարգով մշակում ու հաստատում է ռեկտորի ընտրության կանոնակարգը և կազմակերպում ռեկտորի ընտրությունը,
դ) սահմանված կարգով մշակում և հաստատում է Ակադեմիայի գործադիր մարմնի նկատմամբ վերահսկողություն իրականացնող մարմնի (այսուհետ` վերահսկողություն իրականացնող մարմին) ընտրության կարգն ու աշխատակարգը և կազմակերպում դրա անդամների ընտրությունը,
ե) քննարկում և սահմանված կարգով հիմնադրին է ներկայացնում առաջարկություններ Ակադեմիայի կանոնադրության կամ դրանում փոփոխություններ ու լրացումներ կատարելու վերաբերյալ,
զ) քննարկում և հաստատում է վերահսկողություն իրականացնող մարմնի տարեկան հաշվետվությունը,
է) վերահսկող մարմնի ներկայացմամբ` քննարկում է Ակադեմիայի տարեկան գործունեության մասին ռեկտորի տարեկան հաշվետվությունը և հաստատում այն,
ը) քննարկում և հաստատում է Ակադեմիայի բյուջեն:
